喉嚨疼掛什麼科室需結合伴隨症狀來確定。若伴有聲帶水腫等症狀需要掛耳鼻喉科，伴有呼吸困難時則需掛呼吸科就診。
喉嚨疼可以掛耳鼻喉科。在喉嚨疼痛發作的同時，若伴有聲帶水腫、吞嚥困難等症狀，則考慮是急慢性咽炎、扁桃體炎或咽峽炎等咽喉疾病，此時可到耳鼻喉科就診，需對咽腔和咽後壁做喉部CT、電子喉鏡等詳細檢查，確定有無淋巴濾泡增生和咽喉充血水腫的情況。
若咽喉疼痛的同時，有呼吸困難和憋氣、氣短一類反應，可能與衣原體、支原體或病毒等感染呼吸道有關，建議掛呼吸科檢查。此時要着重檢查是否有急性支氣管炎、支氣管擴張等呼吸道疾病，可以接受支氣管鏡等方面的檢查。
