吃益生菌的禁忌是不可與抗生素同時服用，此外，不可用過熱的水送服。
益生菌屬於微生物，因此不可以與具有殺菌作用的抗生素同時服用，否則益生菌會被抗生素殺滅。在服用完抗生素後即刻補充益生菌，是根本起不到作用的。如果一定要服用抗生素，應相隔2小時以上再服用益生菌。
益生菌作爲一種活菌，在人體內存活，其最適生長溫度與人的腸道溫度相近，約爲37℃。因此，服用益生菌的水溫不可超過40℃，否則益生菌將會被熱水消滅，從而失去效果。同時，益生菌應保存在陰涼乾燥的地方，有些甚至需要冷藏。
