α干擾素的副作用常是可逆的，常見的副作用是注射數小時後患者出現感冒樣症狀，如畏寒、發熱、乏力、頭痛、肢體疼痛、關節痛、肌肉痛、噁心、心悸等。多數病人發生在治療早期，繼續治療一段時間後會逐漸減輕。不能耐受這些副作用的病人，可在注射α干擾素後2～4小時用些解熱鎮痛劑對症治療。也可將注射時間安排在晚上，以減輕症狀。
其他可逆性的副反應如脫髮等，停藥後會逐漸恢復正常，可暫時不作處理，一般都不必減量或延長注射間隔期，以免影響α干擾素的療效。
少數病人在長期注射後會出現外周白細胞和血小板一過性降低，一般停藥後可自行恢復。也可加用促血細胞升成藥對症治療，並觀察血象的改變，必要時可暫停干擾素，恢復正常後再繼續使用。
