卵巢妊娠具體需要哪種治療方式，要根據病情的發展程度來確認。有的情況適合保守治療，但有的情況只能手術治療。
首先，卵巢妊娠的治療方法是以手術爲主。手術治療時，醫生會盡量爲患者保留卵巢，並儘量避免對卵巢功能產生影響。卵巢妊娠的手術治療，就是對於卵巢妊娠病竈進行切除，過程中可能會切除卵巢的部分組織，如果卵巢遭到嚴重破壞，會把附件一併切除。只切除卵巢，保留輸卵管的做法，會引起運往外遊走，這樣患者在之後就容易發生輸卵管妊娠。
如果患者的輸卵管破壞嚴重，有大量出血，但對側正常，醫生會進行患側卵巢切除。如果患者的出血量不多，病竈僅對部分卵巢組織產生影響，這時可以做楔形切除，把剩餘的卵巢部分縫合。
如果卵巢妊娠未引起卵巢破裂，則可進行藥物保守治療。藥物治療通常是在胚胎當中注射可以至死胚胎的藥物。如果藥物治療期間，卵巢發生的破裂，依然要使用手術治療。
