造成寶寶貧血的原因很多，最常見的是營養性貧血。營養性貧血可分爲缺鐵性貧血和營養性巨幼紅血球性（維生素B12、葉酸缺乏）貧血。目前來說，絕大多數的寶寶貧血是缺鐵性貧血。
缺鐵性貧血——造成缺鐵性貧血的原因有兩個，一是寶寶體內鐵的需求量增加，而攝入量相對不足；另一個是胃腸道的溶解度等因素阻礙鐵的吸收。
營養性巨幼紅血球性貧血——造成營養性巨幼紅血球性貧血是由於各種因素影響維生素B12及葉酸的攝入和吸收。維生素B12和葉酸都在覈酸代謝中起輔酶的作用，若缺乏則導致代謝障礙，從而影響原始紅血球的成熟。
