接種疫苗或多或少都會出現副作用，這是正常情況，一般這些副作用都在正常可控範圍內，不會對受種者產生健康危害。同樣的，接種hib疫苗也有可能會出現副作用，臨牀上的表現主要有以下方面。
臨牀上常見的hib疫苗副作用，主要是嬰幼兒接種hib疫苗後，12-24小時內注射部位會出現紅、腫、痛、觸痛和痕癢等症狀，不過一般很快就會消失。
另外，在疫苗接種6小時後，常見的副作用還有就是注射部分局部出現紅斑，有灼痛感，但在24-48小時內會逐漸消失或症狀減弱，不會對健康造成影響，
最後，極少數人會出現的副作用是有肌肉疼痛、關節疼痛、頭痛、不適和發熱等全身反應症狀，這種情況如果嚴重的要到院檢查治療，如果症狀輕的可自行慢慢好轉。此外，少數對雞蛋蛋白過敏者，注射了hib疫苗後也會出現過敏反應。
