治療小兒腸炎的藥物常見的有以下幾類：
1、抗感染藥物：如果感染志賀氏菌、沙門氏菌，可選用阿奇黴素、頭孢克肟等藥物。
2、抗病毒治療：針對腸炎沒有特定的抗病毒藥物，因此關鍵還是要進行對症治療。
3、乳酶生：本藥是活腸球菌的乾燥製劑，在腸內分解糖類，生成乳酸，使腸內酸度增高，從而抑制腐敗菌生長，防止腸內發酵，減少產氣，因而有促進消化、止瀉的作用。
4、蒙脫石散：本藥物可以通過覆蓋腸道黏膜，促進損傷的腸黏膜再生，吸附消化道內的氣體及各種因子，平衡消化道內的正常菌羣，促進腸黏膜細胞的吸附功能，從而起到保護腸黏膜並緩解腹瀉的作用。
5、枯草桿菌二聯活菌顆粒：該藥物中含有枯草活菌和腸球菌，可以直接補充正常的生理菌羣，抑制致病菌，促進營養物質的消化、吸收，抑制腸源性毒素的產生、吸收，從而達到調整腸道內菌羣失調的目的。另外還富含多種維生素、微量元素以及礦物質，可以補充因消化不良或者腹瀉所致的營養缺乏。
6、酪酸梭菌活菌散：該藥物含能夠耐受促進腸黏膜再生和修復的重要物質酪酸，修復損傷的腸道黏膜，消除炎症，營養腸道，並且能促進雙歧桿菌等腸道有益菌的生長，恢復腸道的免疫功能和正常的生理功能。此外，還可以促進營養物質的消化、吸收，對因腸道菌羣紊亂引起的各種消化道症狀及相關的急慢性腹瀉均有一定療效。
7、其他藥物：發熱時可選用布洛芬、對乙酰氨基酚等藥物退燒，脫水時可以口服補液鹽。
