出現了結腸炎可以給予抗生素、美沙拉嗪、保護腸黏膜、益生菌等藥物來進行治療。結腸炎分急性結腸炎和慢性結腸炎，急性結腸炎主要是因爲腹部受涼或者進食不潔飲食導致腸道出現急性炎症性病變，主要表現是腹瀉、腹痛。
出現了急性結腸炎可以化驗血常規和大便常規，判斷炎症的具體原因。如果有細菌感染導致的，可以給予抗生素進行治療，常用的抗生素有左氧氟沙星或者頭孢類。此外，還可以給予止瀉的藥物，比如蒙脫石散以及調節腸道菌羣藥物，比如益生菌來進行治療。
慢性結腸炎最常見是潰瘍性結腸炎，主要是腸道出現的一種非特異性的慢性炎症性病變，主要是因爲免疫功能紊亂等原因導致腸道出現潰瘍性病變。對潰瘍結腸炎可以給予美沙拉嗪以及保護腸黏膜的藥物，比如複方谷氨醯胺膠囊等來進行治療。同時也可以給予益生菌來調節腸道菌羣，有利於腸黏膜的修復。對於急性期的潰瘍結腸炎，還可以給予激素以及免疫抑制劑來進行治療。
除了藥物治療之外，對於結腸炎還在飲食上要注意避免辛辣、刺激的食物，三餐要定時、定量，還要戒菸、戒酒，避免對腸道有刺激的食物和藥物。
