細菌是牙周炎最主要的發病因素，所以治療牙周炎的關鍵在於控制細菌。
通常，牙周炎的治療分爲四個階段。
第一階段爲基礎治療階段，目的是選擇牙周病的常規治療方法，清除或控制臨牀炎症和咬入原因，教授患者如何保持口腔衛生，拔除預後差異和不利修復的牙齒，清潔牙齦，清除牙齦下的菌斑、牙石，選擇抗菌藥物控制炎症，咬入下巴通過徹底的局部治療，停止牙周組織破壞的過程，將病變轉移到靜止期。同濟大學附屬口腔醫院牙周病、粘膜病科何園
第二階段爲牙周手術治療和牙齒鬆動固定。
第三階段是永久修復治療，一般手術後2~3個月進行。
第四階段是複查復治階段，每半年檢查一次菌斑控制情況、衛生宣傳、照片檢查，制定更多治療計劃。
牙周炎治療成功與否關鍵有兩點，一是周密的治療計劃和醫生細緻、精湛的治療。二是患者堅持良好的自我菌斑控制。後者比前者更重要。否則，醫生的工作會加倍，疾病也會再次發生。
一般情況下，如果患者能持良好的自我菌斑控制，很多患者對治療有明顯的效果。但是，少數患者(約10%)接受任何治療都沒有效果，病情急速惡化，直到牙齒丟失爲止，這部分患者是難以治療的牙周炎。
需要特別提出的是糖尿病患者的牙周炎治療。牙周炎的發病率在糖尿病患者中處於較高水平。糖尿病患者抵抗力低，容易感染，血糖值高，容易形成牙菌斑，引起牙周炎。牙周炎進一步提高糖尿病患者感染的概率。因此，糖尿病和牙周炎可以說是相互促進的惡性循環。糖尿病患者更應注意牙周病的治療。首先控制血糖水平，其次系統治療牙周炎，平時要注意口腔保健，定期複查。
