對於阿米巴結腸炎，糞便檢查是確診的重要依據。在患者的新鮮糞便中，特別是在血性粘液處仔細尋找阿米巴原蟲，發現活動中吞噬紅細胞的溶解組織阿米巴滋養體就可以確診。一次也找不到，要多次檢查，努力培養細菌和阿米巴。鏡子檢查時要注意保溫。不那樣的話，阿米巴的滋養體就不會活動，很難和巨大的食物細胞區別開來。乙狀結腸鏡檢查有助於診斷，尤其是鑑別診斷。急性期可見其燒瓶樣潰瘍，潰瘍間粘膜正常。慢性期可看到腸黏膜增生肥厚、肉芽腫及息肉等，可在病變處取活體組織送病理檢查，進一步確定其性質。
實驗室檢查
糞便檢查是確診的重要依據。發現病原體後，必須鑑別非病原性阿米巴原蟲。目前，血清學檢查發展迅速，是診斷阿米巴病的重要實驗，約90%患者血清，可通過ELISA、間接血凝和間接免疫熒光等檢測不同滴度的抗體。PCR診斷技術是一種非常有效、敏感和特殊的方法。鏡下檢測含有四核的包，應認定爲溶解組織內的阿米巴或迪斯帕內的阿米巴；糞便中檢測出含有紅細胞的滋養體，應高度懷疑溶解組織內的阿米巴。血清學檢查高滴度陽性，應高度懷疑溶解組織內的阿米巴感染。阿米巴病僅由溶組織內阿米巴引起。
其他輔助檢查
1、結腸鏡檢查對那些顯微鏡檢查、血清學及PCR檢查均未獲陽性結果，而臨牀高度懷疑的病例，可行結腸鏡檢查或纖維腸鏡檢查。約2/3有症狀病例中，直腸和乙狀結腸黏膜可見大小不等的散在潰瘍，表面覆有黃色膿液，邊緣略突出，稍充血，潰瘍與潰瘍之間的黏膜正常。從潰瘍面刮取材料作鏡檢，發現滋養體機會較多。
2、x線鋇劑灌腸檢查病變部有填充缺損、痙攣和堵塞現象。這種發現雖然沒有特異性，但有助於阿米巴瘤和腸癌的鑑別。
