阿米巴結腸炎具有一定的潛伏期，長短不一，1～2周或數月以上。食用包的數量、致病力和身體抵抗力的強弱不同，臨牀表現也不同。
一、症狀體徵
1、無症狀型主要指阿米巴包的攜帶者，由於調查，他們的症狀很輕，經常被患者忽視。這些患者是本病的重要傳染源
2、阿米巴腸炎與普通腸炎類似，患者有腹痛、腹瀉、糞便不成形或稀有，粘液和未消化的食物混合，臭味較大。
3、阿米巴痢疾的症狀與細菌性痢疾相似，但中毒症狀較輕。患者發熱38℃左右，腹痛、腹瀉，一天可多次發燒10次以上。大便呈血性粘液便或糞便與血分離，有時完全是血性便。次數少的話糞便會變成暗紅色和果醬，變得奇怪。
在患者的新鮮糞便中，特別是在血性粘液處仔細尋找阿米巴原蟲，如果發現活動吞噬了紅細胞的溶解組織阿米巴滋養體，就可以確定。一次也找不到，要多次檢查，努力培養細菌和阿米巴。鏡子檢查時要注意保溫。不那樣的話，阿米巴的滋養體就不會活動，很難和巨大的食物細胞區別開來。乙狀結腸鏡檢查有助於診斷，尤其是鑑別診斷。急性期可見其燒瓶樣潰瘍，潰瘍間粘膜正常。慢性期可見腸粘膜增生肥厚、肉芽腫、息肉等，可在病變處接受活體組織的病理檢查，進一步確定其性質。
二、典型的臨牀表現
1、急性阿米巴痢疾或腸炎的主要症狀是腹痛、腹瀉、血性粘液便等腸炎的表現，伴隨着38℃以上的發熱。大便次數大多不超過每天10次。盲腸和升結腸是最受侵害的部位。直腸和乙狀結腸其次，腹部壓痛往往比左側明顯。輕症者大便中有粘液，但無明顯血性改變。
2、急性暴髮型結腸粘膜大量壞死，繼發細菌感染，引起明顯嚴重的毒血癥狀，患者高熱、腹痛、腹瀉、大便十幾次以上、血液樣本方便。可以伴隨噁心和嘔吐。腸出血和腸穿孔的危險性很高。幸運的是，近年來巳很少見。
3、慢性阿米巴結腸炎多表現爲慢性腸炎。腹痛、腹瀉雖不嚴重，但遷延不愈，或時好時壞。症狀明顯時每日3～5次稀便，可有粘液，糞檢可找到阿米巴滋養體。無明顯腹瀉時糞便中可找到阿米巴包囊。在明顯的急性發作時，可排出痢疾樣大便。
