從結腸癌的病因看，超過半數的癌竈來自腺瘤的癌變，從腺瘤到癌的一序列變化要經歷10～15年的時間，在癌變的過程中，受到各種因素的影響，染色體發生改變，相關的各種基因發生缺失或突變，最終導致結腸癌的發生。
在癌變過程中，遺傳突變的基因包括四類：癌基因、抑癌基因、錯配修復基因、危險修飾基因。目前的研究發現，與結腸癌發病有關的癌基因包括K-ras、c-myc、EGFR等；與結腸癌發病有關的抑癌基因包括APC、DCC、P53等；與結腸癌發病有關的錯配修復基因包括HMSHI、HLH1、PMS1、PMS2、GTBP等；與結腸癌發病有關的危險修飾基因包括COX-2、CD44等。癌基因APC失活致雜合性缺失，錯配修復基因突變致基因不穩定，出現遺傳性非息肉病結腸癌。
結腸癌發病除了與基因缺失或突變有關，還與高動物脂肪飲食、飲食中缺乏纖維素、缺乏體力活動等有關，另外還與潰瘍性結腸炎、結腸血吸蟲病肉芽腫等疾病密切相關。
