空孕囊屬於胎停的一種，空孕囊是否可以做藥流，需要結合患者的實際情況而定，如果懷孕時間沒有超過四十九天，一般可以進行藥流，若懷孕時間已經長達兩月以上，則不可以做藥流。
檢查出空孕囊，確定胚胎已經停止發育，並且懷孕不超過四十九天的情況下，可以通過藥流終止妊娠。如檢查時是空孕囊，檢查HCG和孕酮水平非常低，確認是胚胎已經停止發育的情況下可以做藥物流產，這時胚胎停育時間比較短，胚胎組織發生機化的可能性不大，藥物流產成功率高且對身體損傷小。
如果懷孕時間已經超過四十九天，便已經錯過做藥流的機會。懷孕時間過長，孕囊停止發育時間太久，孕囊會變硬，會和子宮壁發生粘連，這種情況下做藥流成功率極低，還容易大出血，建議患者通過清宮手術清除胎停孕囊。
