胃腸功能紊亂這種疾病和心理壓力大、情緒不佳有很大關係，所以還可以採取心理治療；合理飲食對於病情的緩解。也可以對症應用鎮靜劑、止痛藥、維生素B6、腹瀉或者便祕等藥物治療病情。
有的人因爲工作的原因導致三餐不定時，飲食沒有規律，時間長了可能會導致胃腸功能紊亂；還有的人因爲壓力太大，精神過於緊張，長時間處在煩惱、焦慮的狀態中，也會影響到胃腸系統的正常運轉，出現了胃腸功能紊亂，此時要注意及時調理。那麼，胃腸功能紊亂如何治療呢？
一、一般治療
1、調整飲食
平時最好少吃產氣的食物，比如牛奶，土豆，豆類等，以免導致腸胃功能紊亂症狀更加嚴重。在炒菜的時候可以適當的加一些生薑，蒜，胡椒等調味品，這樣能讓排氣大大的減少，可以緩解病情。
2、學會放鬆心情
當患者感覺到明顯的疲乏時，暫時放下工作，給自己適當性的喘息機會，可以暫時排解工作上面臨的壓力，也可以適當性的走動一下，暫時避開低潮的工作氣氛。
二、藥物治療
調節神經功能，改善睡眠。根據病情，可選用下述藥物與方法。
1、鎮靜劑
可給予利眠寧、安定、氯丙嗪、苯巴比妥、眠爾通或谷維素等。
2、解痙止痛藥
因爲胃腸道功能紊亂導致腹痛症狀出現時，可以應用阿托品、癲茄片等抗膽鹼能的藥物讓平滑肌鬆弛，就能起到一定的解痙止痛的作用。
3、神經性嘔吐
可用維生素B6。嘔吐劇烈酌情給予冬眠靈、異丙嗪、嗎叮啉等。
4、促進胃動力藥
患有胃腸功能紊亂疾病時，患者常常會在進食後出現腹部飽脹、疼痛等不適感，如果適當的應用一些嗎丁啉等促進胃動力的藥物，促進胃腸蠕動，更好的消化和吸收食物，腹痛症狀也能得到緩解。
