生理性腹瀉，多發生在純母乳餵養的小寶寶身上，也有部分喝配方奶粉的寶寶也會出現生理性腹瀉，因爲新生兒寶寶各方面還未發育成熟，腸胃系統敏感脆弱，吃進嘴裏的東西如果超過寶寶的承受能力，就會出現生理性腹瀉。
生理性腹瀉在六個月之內的寶寶中最爲多見，此時的寶寶基本以母乳或者配方奶粉爲主，所以出現生理性腹瀉通常與寶寶自身無關，而是由於母乳或者配方奶中的營養成份過於豐富，超出了寶寶腸胃的承受能力，因爲嬰兒的吸收和消化能力還未發育成熟，因此吸收不了的營養物質就會通過糞便排出，從而導致腹瀉的情況發生。
如果是配方奶粉餵養的寶寶發生了生理性腹瀉，可能是由於此品牌奶粉中的營養物質寶寶吸收不了或者對此種成份過敏，寶媽可嘗試給寶寶“轉奶”，也就是另換別的品牌的奶粉，可能寶寶的腹瀉就會有所好轉，但在轉奶時要注意方式，不可直接轉換，因爲寶寶還小，突然的轉奶可能引起寶寶腸道的不適，使腹瀉更爲嚴重。
