隱球菌肺炎一旦感染，必須積極治療，配合醫囑，方能治癒。
1、對於單純有呼吸道隱球菌寄生的慢阻肺病人，當沒有肺部受侵犯的證據時應定期隨訪；
2、對胸片有肺實質受侵犯，呼吸道分泌物培養中分離出新型隱球菌的病人，應給予積極的治療，防止發生血源性播散；
3、對於免疫功能低下的病人因病變極易由肺播散到中樞神經系統，所以即使其腦脊液檢查還是陰性結果，亦應及早開始系統治療；
4、出現毒副反應的病人應被減少藥物劑量；
5、多數病例不可能完全切除肺部隱球菌結節或團塊以控制感染。個別病人因胸膜滲出需作引流。其餘絕大多數病人藥物治療就可以達到治療目的。
