抗精子抗體陽性最大的危害就是可能會導致不孕不育。在不孕不育症中，不要以爲只有男性會患有抗精子抗體陽性，其實男女都有可能出現抗精子抗體陽性。
對於男性來說，患有抗精子抗體陽性主要表現爲男性精子質量下降、活力減退、成活率不達標，甚至出現大量的畸形精子，使一些看來健壯的男性在不知不覺中喪失了正常的生殖能力。
而對於女性來說，抗精子抗體陽性具有殺傷、吞噬、凝集和制動精子的作用，往往使精卵結合受到致命的挫折，精子進入女性生殖道變得很困難。則出現不能正常受精、對精子產生排斥反應的情況。即使懷孕，也常常會導致流產早產，使生育受到嚴重干擾。
