腹腔妊娠的原因的原因有很多。原發性腹腔妊娠是比較少見的，這種腹腔妊娠是指受精卵直接種植在腹膜、腸繫膜、大網膜、骨盆腔內的異位子宮內膜上，繼續發育生長。主要的原因是受精卵種植在腹膜，腹膜是由體腔上皮衍生而來，具有潛在的副中腎管上皮的功能，如子宮後壁常有蛻膜反應即爲例證；子宮內膜種植在壁層或髒層表面，有利於受精卵的種植。
還有可能就是因爲子宮有缺損，例如疤痕還沒有癒合、憩室、子宮發育不良自發破，裂子宮腹膜瘻等。最多見受精卵先種植在輸卵管內，然後，發生破裂或流產，胚囊落入腹腔，附着於大網膜、腸繫膜、臟器等處，繼續生長髮育成腹腔妊娠。胚囊可與輸卵管、子宮、卵巢仍有聯繫，或有破損痕跡。
