腹腔妊娠的處理比較複雜，但是隨着醫學的進步和手術方法的改進，近年來，腹腔妊娠的母親死亡率已經下降了很多。
腹腔妊娠內妊娠物的存在，可能會導致感染、膿腫及竇道，所以一旦確診的患者，就應考慮手術治療。手術主要是剖腹取出胎兒。處理的時候胎盤的處理應特別慎重，對胎盤的處理要根據其附着部位、胎兒存活及死亡時間久暫來決定。因胎盤種植於腸管或腸繫膜等處，任意剝離將引起大出血。胎盤附着於子宮、輸卵管或闊韌帶的話，可將胎盤連同附着的器宮一併切除。胎兒存活或死亡不久（不夠四個星期）的話是不能夠觸動胎盤的，要在緊靠胎盤處結紮切斷臍帶取出胎兒，將胎盤留在腹腔內，約需半年逐漸自行吸收。如胎兒死亡已久，如數週或數月以上，胎盤種植面積不大者，胎盤已萎縮，血竇多已關閉，可試行整個剝離取出。一般出血不多。
