百兒咳的病程比較長如果治療方法不得當甚至可以長達3個月，因此纔有百日咳的叫法。現在雖然可以通過注射疫苗的辦法來預防百兒咳，但還是會有一小部分嬰兒因各種原因而患有百兒咳，那麼嬰兒得了百兒咳怎麼辦？
1. 一般治療。如果確診患有百日咳，那麼一定要進行呼吸道隔離，讓患者可以獲得新鮮的空氣，而且還能避開引發痙咳的誘因。在幫助患者獲取足夠營養的同時，一定要加強護理防止併發症的發生。如果嬰兒出現了呼吸困難要馬上輸氧，進行人工呼吸。必要的情況下進行止痙排痰。
2. 抗生素治療。對於百日咳可以用抗生素來進行治療，如果患者正處於卡他期，這是抗生素治療的絕佳時機，這個時候治療能夠降低感染的風險，還能緩解症狀縮短病程。在使用藥物沒有緩解症狀的時候可以嘗試紅黴素治療，十天左右症狀就會緩解。如果已經併發了肺炎可以使用敏感抗生素。不過，以上藥物的使用，都必須在醫生的指導下使用。
3. 食療。在中醫偏方中也有一些可以治療百日咳的食療方法，比如蘿蔔蜂蜜飲、魚腥草蘇葉綠豆粥、芹菜飲、冰糖蒸雞膽都是不錯的。
