通常情況下，寶寶只要能正常進食，就會獲取比較充分的營養，慢慢長大，但也有不少早產寶寶或是先天病兒等會有餵養不耐受的問題。進食後不僅不長身體，甚至可能體重減輕。新生兒餵養不耐受原因，主要是這個。
腸道菌羣未建立。人的身體並非是一個完全清潔的環境，會有很多種類的細菌與之共生。腸道中也有不少細菌，這些細菌可以幫助消化或是促進腸道蠕動等。若是寶寶出生後體內自己的菌羣未能建立好，就會出現消化能力差的問題，導致無法攝入營養，以至於餵養不耐受。
新生兒餵養不耐受，還可能與寶寶出生後因某些原因進行了抗菌治療或靜脈輸液有關，特別是早產寶寶。新生寶寶體弱，出生後沒有及時地吮吸和進食母乳，導致吮吸力比較差且對營養的吸收也不好，就會出現此問題。
對此，應及時地建立寶寶自己的腸道菌羣，可去找醫生制定好的治療辦法，可口服一些能獲取雙歧桿菌和乳酸桿菌的製劑。同時，應儘量以母乳來餵養寶寶，奶粉等吸收要求較高，可能更易導致寶寶難以獲取營養。
