新生兒腦積水產生的原因多爲中腦導水管狹窄畸形。同時還有多種原因，比如：
（1）先天畸形：較多見的是脊柱裂，大腦導水管畸形或腦血管畸形等。先天性的疾病很多是無法避免的，只能靠後天治療，看是否能夠治好。
（2）感染：如化膿性腦膜炎或結核性腦膜炎未能及早適當地治療，增生的纖維組織阻塞了腦脊液循環孔道，特別是第四腦室孔及腦底部的蛛網膜下腔的粘連。
（3）出血：顱內出血後的纖維增生可引起腦積水。
（4）腫瘤：顱內腫瘤可阻塞腦脊液循環的任一部分，多見於第四腦室附近。
（5）維生素A缺乏也可致腦脊液容量增加，從而產生顱內高壓的症狀。
（6）出生時是否難產，缺氧等。
