甲肝疫苗不是百分百的無副作用，它的副作用主要有以下幾個方面。
人體對甲肝疫苗的耐受良好，大多數人接種後沒有任何甲肝疫苗不良反應。少數人可在接種部位發生輕度的紅腫或輕微疼痛，上述甲肝疫苗不良反應一般在24—72小時消退，屬於正常的甲肝疫苗不良反應。 極少數人可出現乏力、發熱、厭食、腹瀉、噁心、嘔吐過敏性皮疹等症狀，這種甲肝疫苗不良反應，通常也是短暫的，大多在24小時內可自行緩解。
一般說來，發生輕度的不良反應，不必進行特殊處理，均可自愈，局部反應較重時，可在72小時以後局部熱敷，每日數次，每次10—15分鐘。對較重的甲肝疫苗不良反應，必要時可採取對症治療。初次進行預防接種者，注射後應現場留觀半小時，防止發生速發性過敏反應，回家後72 小時之內如有異常反應或遲發性過敏反應，應儘快到醫院診治，以免貽誤搶救時機。
