炎症性腸病的治療方法包括藥物治療，局部灌腸治療和手術治療三種方法。
1.藥物治療：輕症的炎症性腸病，病變部位侷限於結腸的患者，可遵醫囑給予美沙拉秦腸溶片、柳氮磺胺吡啶等藥物治療。活動期的炎症性腸病可結合潑尼鬆龍、布地奈德等糖皮質激素治療。
2.局部灌腸：主要適用於病變侷限於直腸和乙狀結腸的患者。灌腸液主要由普魯卡因、甲硝唑、地塞米松等組成，柳氮磺吡啶、5-氨基水楊酸爲栓劑，對潰瘍性結腸炎有一定療效。
3.手術治療：對於大出血、腸穿孔、重症患者，尤其是中毒性結腸擴張者，經積極治療無效並伴有嚴重毒血癥。擇期手術指徵包括癌變、腹腔膿腫和瘻形成。難治性全結腸炎內科治療效果不理想，嚴重影響生活質量，或激素雖能控制病情，但副作用大，難以耐受。
