新生兒患臍炎後，應根據臨牀表現採用不同的治療方案，首先，所有的患兒都要對巳經發炎的臍部實施換藥。包括：
需用仔細清理臍部
1、清潔臍部：可以使用75％酒精、生理鹽水、3％硼酸液、1∶1000新潔爾滅液、氯黴素眼藥水等中的一種，以消毒棉棍或棉球蘸上述藥液後，輕柔擦拭患處，祛除膿性分泌物。如果臍帶殘端尚未脫落，可一併清潔。每日1-2次。適用於單純性臍炎或其它臍部感染
2、外用藥物：根椐醫囑在清潔臍部後，局部使用40％氧化鋅油或氯黴素氧化鋅油、臍帶粉（含有依沙吖澱又名雷夫奴爾、氧化鋅）、百多邦軟膏、紅黴素眼膏等中的一種。每曰1次。注意儘量不用紫藥水、紅藥水，以免因染色影響病竈的觀查。一般也不用碘酒，以免燒傷臍周圍的皮膚。
3、外敷藥物：爲減少患處紅腫或促進化膿可分別使用喜療妥、魚石脂軟膏、如意金黃散（中藥）等外塗或外敷，適用於臍炎合併腹壁感染者。注意外敷藥物時間勿過長，一般不超過6小時。
4、穿刺抽膿或切開引流：凡形成膿腫者應積極引流膿液，膿量多或者膿稠需要切開引流，並堅持換藥（更換引流條，保持引流通暢，促進膿腔癒合）。肝膿腫和鐮狀韌帶處膿腫的引流手術需要住院後實施。
5、燒灼：形成臍肉芽者可通過藥物（10％硝酸銀）或激光燒灼去除。
其次爲抗生素，由於引起臍炎的化膿菌大多是耐藥的金黃色葡萄球菌或表皮葡萄球菌，所以一般的抗生素如青黴素、紅黴素等效果不好，最好能在膿性分泌物培養基礎上選用敏感的抗生素。此前，醫生會根據經驗選用適合於新生兒使用且藥效好的藥物。又由於新生兒對口服或者肌肉注射抗生素吸收差，所以一般選用靜脈滴注給藥。有些家長看着自已的寶寶頭皮上扎點滴很心疼，總想改成口服用藥，但當您知道上述的道理後，就會配合治療了。如果診斷爲敗血症，可能需要靜點抗生素數天。
其它，如支持治療（包括靜脈高營養、輸血、輸血漿）等，將視病兒情況加以使用。總的來講，臍炎預後滿意，少數形成門靜脈血栓者，應隨診觀查。
