之所以要聯合用藥，是因爲胃潰瘍的致病因素有兩個——胃酸和幽門螺旋桿菌，只有把它們同時抑制住，才能保證胃潰瘍的最大治療效果。如果僅僅
抑制了胃酸，而沒有殺死幽門螺旋桿菌，無疑就像在胃裏留了顆"炸彈"，後患無窮。有數據表明，如果不清除幽門螺旋桿菌，50%—70%的胃潰瘍患者會在1年後復發。
如果經過檢測，患者胃中確實含有幽門螺旋桿菌，那最常用的治療方法是"三聯療法"，即質子泵抑制劑加上兩種抗生素。其中質子泵抑制劑主要負責抑制胃酸分泌，常用的有奧美拉唑、蘭索拉唑等;兩種抗生素則用來殺死幽門螺旋桿菌，最常用的抗生素組合是克拉黴素和阿莫西林，如果患者對阿莫西林過敏，也可改用甲硝唑。這種療法往往一週就能獲得不錯的治療效果。
還有一種"三聯療法"是用胃黏膜保護劑加上兩種抗生素。胃黏膜保護劑雖然不能抑制胃酸分泌，但卻可以增強胃黏膜的防禦機能，減少胃酸對胃壁的刺激，對胃潰瘍也有治療效果，常用的有鋁碳酸鎂、鉍劑和吉法酯。清除幽門螺旋桿菌時常使用鉍劑，這種療法的優點是價格不太貴，但效果稍差，療程往往需要兩週。
如果患者病情較重，或者其體內的幽門螺旋桿菌已經產生耐藥性，那"三聯療法"可能就不夠用了，需要使用"四聯療法"，即質子泵抑制劑、胃黏膜保護劑，再加上兩種抗生素。這樣的病例如今在臨牀上也逐漸多了起來，這跟細菌的耐藥性增加不無關係。
