雖然保存魚乾比起鮮魚方便了很多，畢竟魚乾是肉類製品容易腐爛，魚乾易吸水且魚乾內的蛋白質還會與某些物質產生反應產生毒素，所以即便是做好了魚乾也要懂得保存的方法才能讓魚乾保存更久。
魚乾怎麼保存，成爲了不少人關心的話題。
1、魚乾的保存的關鍵字是要恆溫和乾燥，所以魚乾要儘量避免在陽光下暴曬，存放的環境也一定要保持陰涼通風和乾燥，不能放置於潮溼的地方。
2、另外魚乾一定要用袋子等密封性較強的包裝物裝好，避免魚乾與空氣直接接觸和避免空氣中的水分子滲入魚乾肉中增加魚乾的水份含量。
3、將製作好的魚乾放入冰箱保險室恆溫保存也是一個很好的辦法。
4、如是較溼氣的魚乾可以在魚乾肉外面多摸鹽，因爲鹽是天然的防腐劑，所以擔心魚乾放得不夠久可以適當增加抹鹽量，食用時多用水泡發即可。
5、將魚乾在製作成熟食，抽空空氣保存於真空環境下也是一個不錯的保存方法。
