對於阿米巴結腸炎，選擇抗阿米巴藥物的原則不僅要消除症狀(消除滋養體)，還要消除感染性(消除包裝)，徹底治癒患者，消除感染源。過去常用依米丁(吐根素)和喹碘方(或卡巴砷)的合併療法，現在仍然適用。近十多年來，一些新藥用於臨牀，療效好，毒性小。
一、抗阿米巴藥物應用
1、甲硝唑（metronidazol，滅滴靈，flagyl） 對阿米巴滋養體和包囊都有效，很少毒性作用， 已爲國內外廣泛採用。劑量3次/d，每次mg，連服5～10天，可取得90%左右的療效。有些治療 效果不好，可能和用量較小，致使腸腔達不到有效濃度有關。
2、替硝唑（甲硝磺酰咪唑）能殺滅 阿米巴滋養體，對包囊也有一定的作用。劑量2次/d，每次g，連服3～5天，可獲90%以上的療效 ，副作用有腹部不適、噁心、嘔吐、便祕或腹瀉，但出現率低且較輕。對心、肝、腎、血沒有不良影響。
3、二氯尼特(二氯散糠酸酯)對腸道滋養體和包裝有效。3次/d，每次mg，連 服10天，療效在80%左右。副作用可有胃腸脹氣。沒有看到毒性的作用。
4、氯苯草酰胺 （etophamide）的特點是口服不吸收，殺蟲效力比甲硝唑高。天口服20mg/kg，可獲得80%左右的療效，目前臨牀應用報道還不多。
二、對症下藥和支持療法
患者應注意休息、流質飲食、不能進食者輸液。
