所有的疫苗在上市前都要經過動物實驗、臨牀實驗和藥監局的批准，宮頸疫苗和其他疫苗一樣，也有這些步驟，一旦有什麼嚴重的反應，會被召回。因此宮頸疫苗的安全性還是可以保證的，但是宮頸疫苗也有一些副作用。
其中一類副作用是注射任何一類疫苗都有可能出現的注射部位局部的皮疹以及紅癢。另外可能會出現頭暈、噁心或者發燒的現象，但是這些副作用持續時間都不長，而且很輕微，在幾小時或幾天內就可以恢復。除此之外，宮頸疫苗目前還沒有報道出有嚴重的副作用。其實造成這些副作用的大部分原因並不是疫苗本身的抗原，而是疫苗成分中用到的佐劑。
因此，注射宮頸疫苗整體來看是安全的。在世衛組織全球疫苗安全諮詢委員會對宮頸疫苗進行的安全性審議中，基本上所有的數據肯定了HPV疫苗的安全性。但是也有少部分人在接種疫苗後出現精神紊亂、消化和呼吸系統疾病的情況，但是概率不高。
