阿米巴結腸炎的發病原因是溶解組織內阿米巴原蟲感染。近年來，有人報道溶解組織內的阿米巴原蟲中，有些人沒有致病能力，可以長期生存在腸道中，不會引起症狀。無病蟲株與有病蟲株不同的表面抗原成分，不產生蛋白溶解酶，宿主血中也不產生相應的抗體。溶解組織阿米巴原蟲在其生活史上出現了滋養體和包期兩種不同形態。
包裝被人食用後，可以無損通過胃和小腸上段，在小腸下段消化胰蛋白酶，具有4個核成熟包裝，脫囊成爲小滋養體(直徑7~20μm)，寄生在腸腔中，以細菌爲食物，不損傷腸壁組織，雙方分裂繁殖，在缺氧機體抵抗力不足或局部腸粘膜受損時，小營養體可成爲大營養體(直徑20~40μm)，溶解組織酶可破壞腸壁組織，侵入腸粘膜和粘膜下層，大量繁殖，形成侷限性粘膜下膿腫，內容主要爲壞死性物質，膿腫破裂，形成燒瓶樣潰瘍。
潰瘍與潰瘍之間的黏膜基本正常，這一點與細菌性痢疾顯然不同。當機體抵抗力增強時，大滋養體可變爲小滋養體，並可進一步變爲 包囊（直徑10μm左右），隨糞便排出體外。在涼爽潮溼的環境中可以生存2~4周，冰箱可以生活6~7周，但是不耐熱，在50℃下可以生存5min。只有4個核的成熟包囊，纔有傳染性，1～2個核的未成熟包囊 無傳染性，但在合適的外界環境中，可以發育成4個核的包囊。大小滋養體如排出體外，均很快死 亡。病程延長時，腸壁組織的破壞和締結組織的增殖同時進行，腸壁肥厚，腸腔狹窄，偶爾由於締結組織的過度增殖而形成阿米巴瘤。
