體質敏感的人可能會因口服酶而過敏，如腹痛、出汗、便祕等過敏反應。這種時候要注意不宜空腹服用酵素，且一次的量不宜過多哦，應該循循漸進。
2未生育女性可能會影響生育
未生育女性朋友大量服用酵素排毒，可能會導致體內電解質紊亂，蛋白質不足，影響未生育女性的正常生育。除了酵素以外，其他排毒產品未生育女性都不宜大量使用。
3自制酵素過程中發生病原菌
自制水果酵素不可靠，生產過程中大量微生物過度生長，在生長有益菌的同時，其他病原菌也大量繁殖，對人體健康有危險。如果需要食用酵素也應該購買正規產品。
4自制水果酶含糖量過高
自制水果酶一般以水果和糖的比例放入容器內密閉發酵，一般爲了考慮口感等因素放入很多糖，所以自制的酶一般含糖量高，不適合所有人，不增加血液含量。
5純酵素是沒有副作用的
有專家指出，純酵素是沒有副作用的。上述過敏反應和影響女性生育的症狀不是酶的副作用，酶與一般保健藥品的藥理作用完全不同，酶是人體內營養素的一種，不會對人體產生副作用。
